13 мая 1989 был подписан контракт о строительстве Медицинского центра. Его скрепили подписями министр здравоохранения ЯАССР И.И.Местников, глава фирмы «Фарус» Т.Я.Гребенкин и представители австрийской строительной фирмы «Polensky&Zollner» К.Вессел и Р.Кех.

16 августа 1989 года издается Постановление Совмина ЯАССР №272 «О строительстве медицинского центра в Якутске».

В августе 1989 года начались работы по укладке фундамента центра, которые вели специалисты «Главякутстроя».

2 января 1992 года издано распоряжение Президента РС(Я) М.Е.Николаева «О строительстве Центра охраны материнства и детства в Якутске».

20 июля 1992 года Якутский клинико-диагностический центр принял первых пациентов.

В 1993 году швейцарская фирма «Мабетекс» начала возведение Центра охраны материнства и детства (ЦОМиД).

30 июля 1993 года указом Президента РС (Я) после объединения Якутского клинико-диагностического центра и Центра охраны материнства и детства был организован Национальный центр медицины.

В сентябре 1997 года распахнула двери детская поликлиника ЦОМиД.

В 1998 году открылись еще два подразделения Национального центра медицины – Клиника акушерства, гинекологии, перинаталогии и Педиатрический центр.

2000 год

14 ноября на базе НЦМ была сделана первая  кардиохирургическая операция. Ее провел тогдашний министр здравоохранения РФ, академик Ю.Л.Шевченко вместе с коллегами по  Военно-медицинской академии (Санкт-Петербург) и якутскими хирургами П.И.Захаровым, А.П.Семеновым, А.П.Петровым, С.М.Колесовым, Я.С.Данилевичем и др.

2001 год

В НЦМ была сделана первая в Якутии пересадка родственной почки, которую провели профессор Я.Г.Мойсюк и его коллеги.

12 ноября 2001 года якутяне Г.М.Николаев, А.И.Васильев, А.В.Николаев и Е.П.Попова провели первую самостоятельную трансплантацию родственной почки. После этого подобные операции были поставлены на поток.

2002 год

В консультации репродукции человека Перинатального центра НЦМ впервые внедрены экстракорпоральное оплодотворение и перенос эмбриона.

2004 год

В ходе визита специалистов НЦССХ им. Бакулева под руководством главного кардиохирурга РФ, академика Л.А.Бокерии была проведена первая кардиохирургическая операция малышам до года.

2007 год

НЦМ было доверено выполнение федерального государственного заказа на выполнение высокотехнологической кардиохирургической и нейрохирургической помощи жителям Якутии,  Магаданской области, Камчатского края.

2011 год

Начат подготовительный этап работы по внедрению пересадки трупной почки и печени с составлением регистра потенциальных реципиентов.

2012 год

В НЦМ приступили к выхаживанию недоношенных детей с экстремально низкой массой тела при рождении – от 500 граммов. С декабря начала функционировать I очередь Республиканского кардиологического центра.

2013 год

Завершена работа по внедрению системы менеджмента качества, результатом которой стало получение международного сертификата соответствия требованиям ИСО 9001:2008.

В 2013 году впервые в истории здравоохранения Республики Саха (Якутия) проведены 2 пересадки фрагментов печени от родственного донора с положительным клиническим исходом.

2014 год

Впервые в истории здравоохранения Республики Саха (Якутия) в НЦМ внедрена новая эффективная технология коррекции сложных нарушений ритма сердца – радиочастотная абляция, выполнено 38 операций с хорошим клиническим эффектом, продолжается внедрение пересадки фрагментов печени и почки от родственного донора, установки биопротеза аортального клапана.

2016 год

В НЦМ произошли структурные преобразования: создано отделение сердечно-сосудистой хирургии на базе Педиатрического центра, создан Медико – генетический центр и открыты 7 коек отделения рентгенхирургических методов диагностики и лечения. Кроме этого, в результате перепрофилирования коек создано отделение детской эндокринологии и гастроэнтерологии, отделение патологии новорожденных и недоношенных детей и инфекционное отделение Перинатального центра переименованы в  отделения патологии новорожденных и недоношенных детей, соответственно, №1 и №2.

В 2016 году впервые в истории здравоохранения республики выполнены пересадки кадаверных почек и печени.

2017 год

Ознаменован внедрением новых для республиканского здравоохранения операций – выполнены операции по вживлению кохлеарных имплантов у детей с врожденной глухотой, транспедикулярные фиксации позвоночника при сколиозе 2–3 степени и операции при врожденных пороках сердца детям до 1 года.

2018 год

Проведена трансплантация сердца, мультиорганная трансплантация кадаверных органов, выполнена уникальная операция с одномоментным транскраниальным и трансназальным эндоскопическим доступом при врожденной черепно-мозговой грыже, внедрена методика герметизации основания черепа при эндоскопическом удалении аденомы гипофиза, отмечена 30% эффективность ЭКО, создан банк биоматериалов.

В конце года на базе НЦМ открылся Региональный сосудистый центр №2.

2019 год

Впервые в республике выполнены операции по лечению аритмии с использованием инновационного криобаллона «Arctic Front Advance».  Также были впервые поведены операции по химиоэмболизации артерий, питающих опухоль печени.